Enfeksiyon:Gerekli temizlik şartlarının sağlanamadığı evde ya da toplu olarak açık alanda yapılan sünnetlerde daha sık görülür. Böyle durumlarda gerekirse koruyucu ya da tedavi amaçlı antibiyotik kullanılmalıdır.
Kanama: En sık ortaya çıkan sorundur. Özellikle yeni doğan bebeklerde pıhtılaşma bozukluğuna bağlı kanama sorunlarının gelişmesini önlemek için ilk hafta içinde sünnet yapılacaksa doğumdan hemen sonra K vitamini enjeksiyonu yapılmalıdır.
Penis Başının Kesilmesi: Kısmen ya da tümüyle olabilir. Kısmi kesiler daha kolay düzeltilebilir, ancak tam kesilerde önemli sorunlar yaşanabilir.
Nekroz: Koter denilen elektrikli aletlerle yapılan sünnetlerden sonra yara iyileşmesi gecikebilir ya da deride nekroz (çürüme) olabilir.
Üretral Fistül: Sünnet sırasında cinsel organın içinde bulunan idrar yolunun yaralanmasıdır. Cerrahi olarak düzeltilmesi gerekir.
Sünnet Derisinin Yetersiz Kesilmesi: Bu durumda sünnet ile amaçlanan görünüm sağlanamaz.
Sünnet Derisinin Fazla Kesilmesi: Bu durumda dikilen deri parçaları gerileceğinden dikişler atabilir, iyileşme gecikir, yara izi gelişir.
Sünnetten Sonra Yapılan Bandajın Çok Sıkı Olması: Mesanede idrar birikmesine, idrar yolu enfeksiyonuna ve böbrek hastalıklarına yol açabilir.

3-6 yaş arası gelişim dönemi, çocukların cinsel kimlik gelişimleri açısından önemli bir dönemdir. Bu dönemde erkek çocuk  bir yandan kendi cinsinden olan ebeveyniyle  kendi cinsine ait kimlik özelliklerini oluştururken, bir yandan da cinsel organı ve diğer cinsle farklılıkları keşfetmeye çabalar. Kız çocuğunun pipisi olmadığını keşfeden erkek çocuğu, onun bu organını yitirdiği, bu durumda kendinin de kaybedebileceği endişesi taşımaya başlar. Bu endişeye iğdiş edilme (kastrasyon) korkusu denir. Aynı zamanda bu dönem beden bütünlüğünün çok önem kazandığı, en küçük yaralanmaların bile abartılarak korkunç hale getirildiği bir dönemdir. 3-6 yaş arasının korkuların yoğunlaştığı bir dönem olduğu da unutulmamalıdır. Tüm bu ögelerin yanında, toplumsal olarak da “pipiye” verilen önem düşünüldüğünde, 3-6 yaş arasında sünnet olmanın bir çocukda yaratacağı sorunlar anlaşılabilir. Özellikle bizim toplumumuzda bir yandan “amcalara göstermesi” istenerek organının ne kadar önemli olduğu vurgulanan , bir yandan da şaka olarak yakalandığında “pipisinin kesileceği, koparılacağı”, hatta “yenileceği” söylenen çocuğun kayıp duygusu aşırı derecelere varabilir. Böyle bir süreç yaşayan çocuğu bu dönemde sünnet ettirmek, tüm bu korkularının bir anlamada gerçek olduğunu ona göstermektir.Sonuç olarak ruhsal açıdan 3 yaş öncesi ya da 6 yaş sonrasının sünnet için daha uygun zamanlamalar olduğu, tıbbi olarak zorunlu kalmadıkça 3-6 yaş arasında sünnet yaptırılmaması gerektiği anlaşılır.

Doğru zaman seçildikten sonra çocuğa, öncelikle güvendiği birilerinin daha sonra da doktorun yapılacak işlemi anlatması gerekir. Bu nedenle tercihen babanın, öncelikle çocuğu korkutmadan bu işlemi anlatması gerekir. Pipisini kaybetmeyeceği, kendisinin de bu olayı yaşadığını vurgulaması çocuğu yatıştırıcı olur. Daha sonra sünneti yapacak olan yetkili kişinin, sünnetin pipisinin ucundaki bir bölümün düzenlenmesiyle ilgili olduğunu, kesmenin söz konusu olmadığının açıklamalarının ardından, uyuşturma sürecinden başlayarak çocuğa bütün süreci yaşına ve anlama düzeyine uygun olarak anlatması gerekir. Canının ne kadar acıyabileceği, sünnet sonrası yaşacakları çocuğa aktarılması gereken bilgilerdir. Bebeklik döneminde yapılan sünnet çocukda bu tür kaygılar uyandırmayacaktır. Bir yaş öncesi, özellikle yeni doğan döneminde yapıldığında açıklama ve hazırlık gerektirmez. Ayrıca bu yaş gurubunda bedenin kendini onarımı daha hızlı olduğundan süreç daha kolay olacaktır. Bir- iki yaş arasında ise daha kısa açıklamalar yeterli olabilir. İlerde arkadaşlarının sünnet törenlerinde kendisinin sünnet olup, olmadığına ilişkin soruları, bir daha olmasının gerekeceğine ilişkin kaygıları olabilir. Bu nedenle bebeklik döneminde sünnet olan çocuğa, özellikle yakın çevresinden birileri sünnet olacağı zaman bu konuda açıklama yapmak ve tekrar olması gibi bir olasılık olmadığının açıklanması uygundur.

Her çocuğu uygun yaşda ayrı ayrı sünnet ettirmek, ya da birlikte olacaksa büyük çocuğa diğerinin endişesini azaltmak gibi bir yük vermekten kaçınmak uygundur. Üç yaşından önce ya da altı yaşından sonra, ehli bir kişi tarafından, temizlik kurallarına uyularak, çocuğun hazırlandığı, bilgilendirildiği bir sistemle yapılan sünnet, ruhsal açıdan büyük sorunlar oluşturmadan, dini koşulların yerine getirilmesini, tıbbi olarak da önerilen işlemin sağlıklı bir şekilde yapılmasını sağlayacaktır.